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分歧一：成功击例喷火Creature (Bvrner)
进行到pryfield巨大怪物来袭事件，如果成功地将之击倒，就会发生此事件。Bvrner在死亡前将通往６号室的道路撞上Aya就从楼梯返回底层。道格拉斯并没有什么事，将刚修理原毕的车钥匙交给Aya，让她到他屋内门旁的铁箱取一件道具以作答谢。由于那条通道已毁，Aya就从地下通道去那里，道格拉斯已在那里等待，交给她连装一百发的手枪，也能从箱内得到一支大型手枪“ＭＰ５０”，Ay可以在此作最后一次购买道具，随后出发。
分歧二：Flint死亡
条件同上，但败于Buyner。怪物因为口中喷火器已无燃料而离开，但后离开之前，已将许多通道击毁，Aya只能从６号室阳台下行，经过地下通道来到底层。因爱狗Hint已死，悲痛的道格拉斯交给Aya一把车钥匙，并让她到屋前的废车内调查，可得到防具“Chicken Blade”。Aya也只能独自离开。
分歧一（1）再回Drydield.
如果发生分歧一事件，当游戏进行到shelter B4 Aya与Kyle排水后进入上层排水道（ＶＰＰＥＲ ＳＥＷＥＲ）时，可在南面找到一个“满月门”控制器，通过“满月”的提示，输入密码“１５”，在给水通道中开启不了的铁闸就会解除。进入铁闸，会听到狗叫声，Aya因为担心道格拉斯，而kyle想继续调查Shelter，所以他们就在此分别。 沿着通路前行，Aya从古井的另一面闸便能回到Dryfield，小狗Flint显得十分焦急，跟着后来到给水塔，杀死变异体，爬到塔上。Ｍ.Ｉ.Ｓ.Ｔ的成员之一Pierce躺在给水塔上，当Aya想叫他起来时，他倒在地上……以为他已经死了的Aya被突然跳起的他吓了一跳，原来Pierce只是想捉弄Aya，来这里的目的本来就是为了帮助Aya。Aya看到他不在舒服，便想找些令他稍为舒服的东西，离开之前，Pierce交给她一把车尾箱钥匙。 还能记得那台冰贩卖机吧，去买点冰给Pierce，然后到油站开启Pierce车尾的箱子，取得“Tactical Armour”和“唇膏”。此时可回道格拉斯处，将能买到非常强力的道具，然后由古井返回shelter，通过上层排水道回到Ｂ３，从升降机去Ｂ１。 当Aya由于多房走到通往睡房的通道时，那只会说话的变异体又一次出戒，并且对Aya仍然活着的情况感到有些失望，它问Aya为何要救人类，因为她也是变异体。Aya继续前进，在通道里打败一只变异体，可从地上拾到一张“ＢＯＭＡＮ卡”，这是非常重要的东西随后就口可以去Ｂ２。
分歧二（１）：分别
如果发生分歧二事件，在到达上层排水道时，走到尽头，再沿可行的路返回Ｂ３的垃圾处理场，会遇到两扇门从右手的门到达Ｂ２。ＫＧＬＥ因为要继续留在上层调查，就与ＡＧＡ道别。走之前将一张“ＹＯＳＨＩＤＡ”卡交给Aga，告诉她配合实验室密码，可得到一个密码“ＭＥＬＩＳＳＡ ＭＡＹＡ”，由“Ａ至Ｚ”的次序排列，可得出真正的密码“Ａ３ＥＩＬＭ２Ｓ２Ｙ”，随后二人分别。
分歧一（２）：重大发现
仍然是得发生分歧一的事件，在控制室查阅电脑资料时，电话铃响起，原来是ＰＩＥＲＣＥ打来，他原来也到了ＳＨＥＬＴＥＲ内，他说在ＰＯＤ ＳＥＲＶＩＣＥ ＣＡＮＴＲＹ发现一些新的东西，并希望她前去洽谈。
原来ＰＩＥＲＥ发现ＳＨＥＬＴＥＲ有一个由人工造成的地下温室ＳＨＡＭＢＡＬＡ，那里正在兴建一个大型发电站，并由传送到那里的ＡＮＭＣ提供大量能量给ＰＯＤ ＳＥＲＶＩＣＥ ＣＡＮＴＲＹ内的大型变异体，在ＰＩＥＲＣＥ给了ＡＧＡ微型通讯器后，ＡＹＡ便往那去查看。
分歧二（２）：庞大变异体
发生分歧二，地点同上，电话是ＫＹＬＥ打来，他猜想ＡＹＡ得知真相后必定很难对，便安慰她，随后叫她去Ｂ１的ＰＯＤ ＳＢＲＶＩＣＥ ＣＡＮＴＲＹ会合。
进入时发现有一只巨大变异体，想起梦境中少女的ＡＹＡ有些害怕。由于这个变异体体内有大量的ＮＭ存在，简单消灭它的话，病毒必究也会四处扩散，造成严重后果。
为了不使情况恶化，他们到Ｂ２进入主要通道左上方的升降机，来到ＳＨＡＭ ＢＡＬＢ，但在行动中ＫＹＬＥ突然会身着火，ＡＧＡ只能让他休息一下，一人行动。
而这时在总督府，有人报告派出的间谍已经发现目标，但因破坏非常困难，只能执行“ＤＰＬＡＮ”计划，于是太空中的卫星发射器对准了ＳＨＥＬＴＥＲ所在的方位……
分歧一（３）：未说完的电话
ＡＧＡ看到ＥＶＥ被人捉走非常担心，又想起ＰＩＥＲＥＥ刚才的电话，便再次来到ＰＯＤ ＳＥＫＶＩＣＥ ＣＡＮＴＲＹ，在那里的控制台上可找到ＰＩＩＥＴＣＥ的便条，按△调查，之后打电话回总部，会和ＪＫＤＩＥ说话。
ＴＲＵＥ ＥＮＤＩＮＧ
条件：发生所有分歧一事件 ＳＥＰＴＥＭＢＥＲ ７，２０００ ９：０５ＰＭ～white ＨＯＶＳＥ，ＷＡＳＨＩＮＧＴＯＮ，Ｄ，Ｃ，Ｄ
事件终于结果，官员向总统报告消灭ＡＮＭＣ的结果，因为这事件不能泄露于外，总统便想将得知太多秘密的间谍捉回，但她却已辞职并不知所踪。
事件过后一年，ＡＧＡ和其他人有了各自的安定生活和工作，ＥＶＥ也被ＡＧＡ收养在读初中，似乎已经忘却了一切的阴暗。但那次事件之后ＫＹＬＥ便离奇失踪，无论怎样寻找也不见踪影，ＡＧＡ伤心地怀疑当她在打败ＢＶＥ后所见到的他是否只是个梦境。
ＳＥＴＥＭＢＥＲ１，２０００ ７：１６～ＮＡＴＶＲＥ ＭＶＳＥＶＭ，ＮＥＷ ＹＯＲＫ～
在假期中的某一天，ＡＧＡ带着ＥＶＥ到自然博物馆参观，ＢＶＥ对这里的一切都感到好奇，似乎能发现许多秘密和乐趣一般。
就在此时，ＡＧＡ若有所觉的回头一看，有一位参观者也走进馆中，并在ＡＧＡ眼里一点一点清晰了起来，原来就是ＡＧＡ寻觅已久的……
